Phụ âm phân biệt theo âm vần luận, có các phụ âm thuộc các hàng 「か(ka)・さ(sa)・た(ta)・な(na)・は(ha)・[COLOR= “Blue”]ま[/COLOR](ma)・や(ya)・ら (ra)・わ(wa)」, phụ âm kêu thuộc các hàng 「が(ga)・ざ(za)・だ(da)・ば(ba)」, phụ âm nửa kêu thuộc hàng 「ぱ(pa)」 (về mora đặc biệt, xin tham khảo ở phần cuối phần này). Ký hiệu âm tố như sau:
• /k/, /s/, /t/, /h/ (âm điếc)
• /g/, /z/, /d/, /b/ (âm kêu)
• /p/ (âm nửa kêu)
• /n/, /m/, /r/
• /j/, /w/ (thường gọi là bán nguyên âm)
Mặt khác, theo âm thanh học, thì hệ thống phụ âm có rất nhiều khía cạnh phức tạp. Các phụ âm được dùng chủ yếu gồm có
Về cơ bản thì các âm hàng ka 「か」 phát âm là [k], hàng sa 「さ」 là [s] (hay [θ], tùy địa phương và người nói), hàng ta 「た」 là [t], hàng na 「な」 là [n], hàng ha 「は」 là [h], hàng ma 「ま」 là [m], hàng ya 「や」 là [j], hàng da 「だ」 là [d], hàng ba 「ば」 là [b], và cuối cùng là hàng pa 「ぱ」 phát âm là [p].
Phụ âm hàng ra 「ら」 khi đứng ở đầu từ thì phát âm như [d], thay vì phát âm như âm bật nhẹ khó đọc. Cũng có người phát âm gần giống như [l] của tiếng Việt. Không có ký hiệu âm thanh thích hợp nhưng cũng có khi được dùng thay thế bằng âm bật uốn lưỡi kêu [ɖ].
Mặt khác, âm ra cùng với 「っ」 như 「あらっ？」, xuất hiện ở giữa hoặc cuối từ sẽ trở thành âm bật lưỡi [ɾ] hoặc [ɽ].
Phụ âm hàng wa 「わ」 có người nói dùng cách phát âm tròn môi [w], nhưng đa số dùng âm không tròn môi [ɰ] (khi tách ra đọc từng âm thì tiếng Nhật lại đọc là [w]). Đối với các âm mượn 「ウィ(vi)」「ウェ(ve)」「ウォ(vo)」 cũng phát âm y hệt nhưng cũng có nhiều người phát âm là 「ウイ(ui)」「ウエ(ue)」「ウオ(uo)」.
Phụ âm hàng ga 「が」 khi xuất hiện ở đầu từ thì dùng [g], nhưng ở giữa từ thì phổ biến cách dùng [ŋ] (âm mũi hàng ga, gọi là âm kêu mũi). Ngày nay, việc dùng âm [ŋ] đang dần biến mất.
Học tiếng Nhật Bản