Hiện nay việc khẳng định tiếng Nhật thuộc hệ thống nào vẫn nằm trong vòng tranh cãi, cần phải được chứng minh thêm. Có nhiều giả thuyết đã được đưa ra, nhưng chưa có giả thuyết nào đủ mạnh để có thể khẳng định điều này.
Có giả thuyết cho rằng nó thuộc hệ ngôn ngữ Altai, đặc biệt khi quan sát tiếng Nhật từ cuối thời Minh Trị. Về nguồn gốc, trong tiếng Nhật cổ (từ vựng Đại Hòa), có thể thấy rằng âm /r/ (âm nước) không đứng ở đầu từ, và một loại nguyên âm điều hòa (không để hai nguyên âm cùng loại đứng gần nhau để điều hòa cách đọc) đã được sử dụng. Tuy nhiên, bản thân những ngôn ngữ cho rằng mình thuộc hệ ngôn ngữ Altai cũng cần phải chứng minh thêm về sự tương quan đó, do đó, đối với đặc trưng rất dễ thấy của tiếng Nhật cổ được đề cập ở bên trên thì tiếng Nhật là ngôn ngữ thuộc “kiểu Altai”, chứ không hoàn toàn thuộc về hệ đó.
Nhà kiểu Gassho có khung bằng gỗ, mái nhà lợp bằng rơm rạ
Hệ ngôn ngữ Nam Đảo cũng là một hệ âm vị và từ vựng được cho là có sự tương đồng với tiếng Nhật, tuy nhiên, những minh chứng được đưa ra để khẳng định về mặt ngôn ngữ thì không đủ, có rất nhiều những ví dụ cho giả thiết trên không thể kiểm chứng được. Cho nên nói về mối quan hệ thì có thể nói rằng nó không rõ ràng.
Có giả thuyết nói rằng tiếng Nhật có quan hệ với hệ ngôn ngữ Dravidian, nhưng những nhà nghiên cứu nhận thấy mối quan hệ đó không nhiều. Shin Ono có giả thuyết cho rằng các điểm từ vựng – ngữ pháp của tiếng Nhật có những điểm chung với tiếng Tamil, tuy nhiên đã có nhiều chỉ trích quan điểm này khi xem xét vấn đề theo phương pháp của ngành so sánh ngôn ngữ học.
Nếu chúng ta quan tâm đến mối quan hệ đối với cá nhân từng ngôn ngữ, thì ký hiệu, từ vựng v.v. của tiếng Nhật ảnh hưởng mạnh mẽ bởi tiếng Hán từ xa xưa thông qua Hán tự và Hán ngữ. Nhật Bản thuộc về nhóm các nước có truyền thống sử dụng chữ Hán (các nước đồng văn) mà trung tâm là Trung Quốc. Tuy nhiên, cơ sở từ vựng không có sự tương ứng, ngoài ra đặc trưng về văn phạm – phát âm thì hoàn toàn khác Trung Quốc, do đó sự liên quan về hệ thống là không chính xác.
Đối với ngôn ngữ Ainu, mặc dù cấu trúc câu của ngôn ngữ Ainu tương tự như của tiếng Nhật (kiểu SOV), nhưng văn phạm – hình thái xét theo loại hình thì thuộc về các tổ hợp ngôn ngữ khác nhau, đồng thời cấu tạo âm vị cũng chứng tỏ tồn tại nhiều khác biệt về hữu thanh – vô thanh cũng như việc sử dụng âm tiết đóng. Sự liên quan tương tự về mặt từ vựng cơ bản cũng đã được chỉ ra nhưng những dẫn chứng thì không đầy đủ. Nói chung sự giống nhau về ngôn ngữ thể hiện ở chỗ, có nhiều từ vựng Ainu rất dễ nhận ra là đều được mượn từ tiếng Nhật. Hiện nay, những tài liệu chứng minh ra sự liên quan với nhau của hai ngôn ngữ một cách hệ thống rất thiếu.
Đối với ngôn ngữ Triều Tiên, mặc dù có nhiều điểm giống nhau về cấu trúc văn phạm, cơ sở từ vựng của hai ngôn ngữ khác nhau rất nhiều. Về khía cạnh âm vị, mặc dù có những điểm giống nhau về nguồn gốc cũng như âm nước không đứng ở đầu từ, hay đều dùng một kiểu hòa hợp nguyên âm, v.v., nhưng cũng như hệ ngôn ngữ Altai được đề cập ở trên, sự tương tự không đóng vai trò toàn bộ, âm đóng và phụ âm kép (trong tiếng Triều Tiên thời kỳ giữa) tồn tại sự khác nhau lớn so với tiếng Nhật. Trong Ngôn ngữ Cao Ly đã biến mất của bán đảo Triều Tiên, cách đếm số cũng như từ vựng được cho là tương tự với tiếng Nhật, nhưng sự thật là hiện nay tiếng Cao Ly là biến mất gần như hoàn toàn, do đó khó có thể trở thành tài liệu kết luận giả thuyết trên một cách có hệ thống.
Ngoài ra, tiếng Lepcha – tiếng Hebrew cũng đã được đề cập đến, nhưng về mặt so sánh ngôn ngữ học nó được xếp vào loại các giả thuyết sai.
Ngôn ngữ giống với tiếng Nhật và hệ thống của nó được thấy rõ ràng nhất là ngôn ngữ của nhóm đảoRyūkyū (thuộc tiểu vương quốc Ryūkyū trước đây). Ngôn ngữ Ryūkyū và tiếng Nhật gần gũi một cách dị thường, do đó có khả năng xếp nó thành một phần của tiếng Nhật (phương ngữ Ryūkyū). Trong trường hợp là ngôn ngữ đặc biệt, tiếng Nhật và tiếng Ryūkyū được xếp chung vào hệ ngôn ngữ Nhật Bản.
Học tiếng Nhật Bản