Trọng âm của tiếng Nhật chủ yếu là trọng âm không đều. Trọng âm được xác định theo từ. Những trường hợp từ đồng âm có thể phân biệt nhờ sự khác nhau về trọng âm không ít.
Ví dụ như trong phương ngữ Tokyo, ame (雨, “mưa”) và ame (飴, “kẹo”) thì được đọc tương ứng là 「a＼me」 (phần đầu đọc cao hơn) và 「a/me」 (kiểu âm bằng), được phát âm rõ ràng là khác nhau (từ lúc này trở đi, khi nói về âm thanh đi lên lên dùng /, âm bằng dùng ＼). Những chữ đều được phiên âm là hashi o 「端を」 (góc đường), 「箸を」 (đôi đũa), 「橋を」 (cây cầu) thì đọc tương ứng là 「ha/shio」「ha＼shio」「ha/shi＼o」.
Sự lên xuống của trọng âm nếu nói theo âm nhạc thì giống với sự lên xuống của âm giai. Nhiều nhà soạn nhạc trước đây, khi phổ nhạc cho thơ, đã dựa trên trọng âm của ngôn từ. Ví dụ như, nhạc sỹ Kousaku Yamada đã phổ nhạc cho câu Karatachi no hana ga sai tayo (“hoa cam ba lá đã nở”) (phổ thơ 「からたちの花」 của Kitahara Hakushū) đã tận dụng lại trọng âm phát âm là 「ka/ratachi no ha/na＼ga sa/itayo」. Do đó, tránh cho ha/na＼ga (花が, hoa) bị hiểu nhầm thành “lỗ mũi” 「鼻が」 (ha/naga).
Mặc dù như vậy, không phải lúc nào khác trọng âm cũng là khác nghĩa nhau. Như kyō’iku (教育, “giáo dục”) hay zaisei (財政, “tài chính”) giọng Tokyo đọc là 「kyo/ーiku」 và 「za/iseー (za/isei)」, nhưng theo các nhà chuyên môn cũng thường được đọc là 「kyo＼ーiku」 và 「za＼iseー」. Ngoài ra, sự bằng hóa trọng âm dường như đang là xu hướng của thời đại, densha (電車, “xe điện”) và eiga (映画, “phim”) từ cách đọc 「de＼nsha」 và 「e＼ーga (e＼iga)」 đang dần trở thành 「de/nsha」 và 「e/ーga」. Tuy nhiên, ý nghĩa các từ không hề thay đổi.
Hana ga (花が, “hoa (thì)”) ở Tokyo đọc là 「ha/na＼ga」, ở Kyoto đọc là 「ha＼naga」, cho nên trọng âm ở mỗi từ khác nhau tùy theo địa phương. Tuy nhiên, hệ thống trọng âm các địa phương với nhau không hoàn toàn là không hề tương ứng với nhau. Nhiều trường hợp có thể nhìn thấy sự đối ứng một cách có hệ thống. Ví dụ như, hana ga (花が), yama ga (山が, “núi (thì)”) và ike ga (池が, “hồ (thì)”) theo giọng Tokyo là 「ha/na＼ga」, 「ya/ma＼ga」, 「i/ke＼ga」, phát âm dạng lồi, còn ở Kyoto thì 「ha＼naga」, 「ya＼maga」 và 「i＼kega」 phát âm dạng phần đầu là âm cao. Theo đó, những từ nào ở địa phương này có cùng một kiểu trọng âm, thì ở địa phương khác, những từ đó cũng thuộc về cùng một kiểu trọng âm khác.
Sự thật là, trọng âm theo phương ngữ của Nhật Bản đều bắt nguồn từ một hệ thống ngôn ngữ có trọng âm hoàn toàn giống nhau trong quá khứ, nhưng sau đó dần dần tách ra và xuất hiện khác biệt. Shirō Hattori gọi nó là trọng âm của tiếng Nhật nguyên thủy,nhưng vấn đề tiếng Nhật nguyên thủy cụ thể ra sao thì có nhiều quan điểm. Ví dụ như Kazuharu Kindaichi và Otsumura Kazuo thì cho rằng trọng âm theo kiểu Kinh Phản (Keihan) của thời kỳ Viện Chính (Insei) (giọng kiểu sao chép tên (meigite)) là hệ thống cổ của trọng âm tiếng Nhật và, hầu hết mọi trọng âm của các phương ngữ hiện tại là kết quả sinh ra từ sau thời đại Nam Bắc Triều.
Hệ thống trọng âm ở miền Đông và miền Tây nói chung là khác nhau, nhưng nếu đi vào cụ thể, sự phân bố trọng âm phức tạp hơn. Ví dụ như, (quận) Aichi, Gifu, Nagano, Niigata về phía đông nói chung có giọng Tokyo, địa phương Kinki (khu vực xung quanh Osaka, Kyoto, Nara), Shikoku v.v. thì có giọng Keihan, xa về phía tây vùng Chūgoku, đến vùng Kyūshū, lại xuất hiện giọng Tokyo. Nói cách khác, giọng Keihan đóng vai trò quan trọng trong khu vực Kinki lại có xen kiểu Tokyo. Hơn nữa, một khu vực gồm một phần của vùng Kyūshū có kiểu trọng âm một hình thức được phát âm với trọng âm như nhau và khu vực từ phía Bắc Kantō (miền Đông) đến phía Nam Tōhoku (Đông Bắc), thì có thể nhận ra kiểu không có trọng âm, các âm đọc theo quy tắc không có âm cao. Một lần nữa, tồn tại những hệ thống trung gian, khác biệt hoàn toàn với đa số các hệ thống khác.
Hỗ trợ học Hán Tự